§31. W języku kaćjańskim wyróżniamy 4 rodzaje rdzeni nominalno-werbalnych: lekkie (dwuspółgłoskowe), ciężkie (trójspółgłoskowe) i dwa rodzaje rdzeni superciężkich (czterospółgłoskowych): rdzenie superciężkie pierwszego rodzaju zachowują się podobnie jak rdzenie lekkie (część z nich jest wynikiem trwałej reduplikacji rdzeni lekkich), rdzenie superciężkie drugiego rodzaju zachowują się jak rdzenie ciężkie. Poza podaną klasyfikacją stoi kilka rdzeni zawierających nierozdzielne grupy mb, nd, ŋg, zob. §25.
§32. Rdzeń określamy jako mocny, gdy wszystkie budujące go spółgłoski należą do spółgłosek właściwych. Rdzeń jest słaby, gdy zawiera spółgłoski słabe. Rdzeń jest typu 1R, jeżeli pierwszą jego spółgłoską jest sonorant (r, l, m, n, ŋ), rdzenie typu 2W mają półsamogłoskę (j, w) na pozycji drugiej, rdzenie typu 1H2R3W mają h na pozycji pierwszej, sonorant na pozycji drugiej, półsamogłoskę na pozycji trzeciej, itd. Rdzenie mocne są bardziej regularne niż słabe, dlatego nazewnictwo takie może zdziwić czytelnika przyzwyczajonego do terminologii używanej w gramatyce języków germańskich, gdzie formy słabe są regularniejsze od mocnych.
§33. Wskutek działania akcentu większość rdzeni podlega wymianom ilościowym samogłosek, czyli apofonii, która jest charakterystyczną cechą języka kaćjańskiego. Spółgłoski silne rdzenia pozostają przy tym niezmienne (ulegają asymilacjom, czego jednak ortografia nie notuje). Dla każdego rdzenia charakterystyczna jest samogłoska kardynalna określonej barwy, która pojawia się pod akcentem i w niektórych sylabach nieakcentowanych. W celu przedstawienia składu rdzenia stosuje się specjalny zapis, w którym umownie podaje się na pierwszym miejscu samogłoskę kardynalną, a następnie kolejne spółgłoski, używając wielkich liter. Np. rdzeń o postaciach -terk-, -trek-, -trke- zapisuje się jako ETRK.
Aby z kolei przedstawić strukturę określonych stopni apofonii, używa się umownych rdzeni (niekoniecznie rzeczywistych), w których samogłoską kardynalną jest A, a kolejnymi spółgłoskami są K, T, P, K (czyli rdzeni AKT, AKTP, AKTPK). W przypadku rdzeni słabych rozpatruje się kolejno albo spółgłoski R, N, L, M, albo H, albo kolejno W, J, W, J. Zaznacza się także miejsce akcentu, nawet jeśli nie wymaga tego ortografia.
W ograniczonej liczbie rdzeni występują nierozdzielne grupy mb, nd, ŋg, w których spółgłoski nosowe m, n, ŋ albo tworzą kwazidyftongi z poprzedzającą samogłoską kardynalną, albo zanikają. Końcowe zwarte b, d, g mogą także zanikać w formach rozkazujących. Przykłady:
W kaćjańskim zjawiska takie należy raczej odnieść do sfery leksyki i morfologii niż fonetyki. Gdy jest to niezbędne, w zapisie budowy rdzenia tego rodzaju stosuje się nawiasy: A(ND)K, A(MB)T(ND). Nawiasów nie używa się w rdzeniach historycznie ciężkich, dziś superciężkich, w których nosówka nie zanika: AFMBK, A(ŊG)MBT, AXND(ŊG). Inne rdzenie o podobnym wyglądzie zachowują się regularnie, np. foŋgo : ofŋog ‘łamać’.
§34. Akcent w języku kaćjańskim może padać:
Zależnie od miejsca akcentu rdzeń może występować na różnych stopniach apofonii, a ich liczba wynosi 4 dla rdzeni lekkich i 5 dla rdzeni ciężkich. Jeżeli natomiast chodzi o rdzenie superciężkie, niektóre z nich zachowują się jak rdzenie lekkie, inne jak rdzenie ciężkie. Rdzenie z nierozdzielnymi grupami mb, nd, ŋg najlepiej traktować indywidualnie.
Stopnie apofonii numeruje się zgodnie z numerami spółgłosek rdzenia, po których występuje samogłoska akcentowana; stopień zerowy mają formy z akcentem na samogłosce dodanej. Ostatni, najwyższy stopień apofonii występuje, gdy akcent pada na afiks. A zatem, rdzenie lekkie występują na stopniach 0, 1, 2 i 3, natomiast rdzenie ciężkie na stopniach 0, 1, 2, 3 i 4.
W mocnych rdzeniach superciężkich apofonii faktycznie brak, zmienia się tylko miejsce akcentu. W rdzeniach superciężkich pierwszego rodzaju (zachowujących się jak rdzenie lekkie) brak jest stopnia 1 i 3, występują tylko stopnie 0, 2, 4 i 5. W przypadku rdzeni superciężkich drugiego rodzaju nie występuje stopień drugi i istnieją jedynie stopnie 0, 1, 3, 4 i 5.